Я не уверен, но мне кажется, там две линии.
Логотипы парка в момент прибытия Уильяма и Логана отличаются от современных, но зато совпадают с теми, что в воспоминаниях Форда. Плюс начинается все это с того, что Доролес слышит "Вспомни". В контексте этих пробуждающихся воспоминаний, там может быть намного больше, чем воспоминания своей смерти от рук Человека в Черном. То есть запускается вся ретро-ветка событий.
У меня возникло сильное подозрение, что линия Уильяма и Логана - это прошлое, но не момент постройки парка, а несколько позже. И нас ведут именно к тому моменту, который был упомянут во флешбеке как несчастный случай.
То есть Человек в Черном с его поисками Лабиринта - настоящее, Уильям и Логан - прошлое. Когда Доролес убивает ковбоя-грабителя-андроида, пересилив программу, запрещающую брать в руки оружие, она бредет то одна, то с Уильямом и Логаном. Мне кажется, это воспоминания, она в них проваливается в этот момент.
Как-то так.